En plus de sa faune simienne exceptionnelle (voir un des derniers refuges pour des singes en danger critique d’extinction), la flore de la FMT est d’une richesse remarquable. Un inventaire préliminaire effectué en 2007 a permis d’y recenser 19 espèces endémiques ouest-africaines, 15 espèces endémiques de la région phytogéographique de Haute Guinée et 13 espèces inscrites sur la liste rouge de l’UICN (Union Internationale de Conservation de la Nature). La flore de la FMT est très diversifiée et elle bien à l’image des « Hotspots » de la Haute Guinée. A l’issue d’un atelier international tenu au Ghana, en décembre 1999, sur la Sélection des Priorités de Conservation en Afrique de l’Ouest, un rapport de l’ONG Conservation International indique que la Forêt des Marais Tanoé est située dans une zone dont l’importance est reconnue au plan international. Cette zone a été classée par les experts comme étant : • d’une importance exceptionnelle parmi les aires prioritaires de conservation régionale pour la forêt de Haute Guinée ; • d’une haute importance pour la conservation des mammifères ; • d’une haute importance pour la conservation des Oiseaux ; • d’une très haute importance pour la conservation des écosystèmes d’eau douce.